木瓜蛋白酶主要用于啤酒抗寒（水解啤酒中的蛋白质，避免冷藏后引起的浑浊）、肉类软化（水解肌肉蛋白和胶原蛋白，使肉类软化）、谷类预煮的准备、水解蛋白质和肉类香料的生产。在啤酒抗寒和肉类软化方面的应用远比其他蛋白酶类广泛。用量一般为14mg/kg促使饼干中面筋的分解，以使成品松软。肉类软化有多种蛋白酶可用

在食品中添加食品营养强化剂，不仅可以补充天然食品的营养缺陷，而且可以改善食品中的营养成分及其比例，以满足人们对营养的需要。另外，利用食品营养强化剂可以特别补充某些营养物质，达到特殊饮食和健康的目的。

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