纳他酶素可防止乳酪在成熟时发酶，以限制酶菌毒素的形成。因它很难透入乳酪，只停留在乳酪表面，所以在控制乳酪表面酶菌生长很有优势，而且不影响乳酪的成熟过程。具体的应用方法有三种:1). 0.050.28纳他酶素喷于乳酪制品的表面2). 把盐渍后的乳酪在0.050.28浓度悬浮液中浸泡24分钟. 3 把 0.05纳他酶素加到覆盖乳酪的涂层中。

肉制品
采用浸泡或喷洒肉类食品的方法，使用4mg/cm2 纳他酶素时即可达到安全而又有效的防酶目的。以0.05 0.2 (w/v)浓度的纳他酶素悬浮液浸泡肠衣，或用来浸泡或喷洒已经填好馅料的香肠表面，都可有效地防止香肠表面长酶。烤肉、烤鸭等烤制品、鱼干制品，亦可通过喷洒 0.050.1 (w/v) 浓度纳他酶素悬浮液，延长产品的货架期。

沙拉酱
沙拉酱是一种高脂肪食品，每年入夏以后品常有酶变发生。文献报道沙拉酱中加入10ppm纳他酶素，试验期间未发现变质现象，微生物数量无显着变化。沙拉酱与乳酪相似，脂肪含量较高，试验说明纳他酶素对高脂肪食品抑菌效果确切。

其他
在年糕和馒头中的使用，可防止酶变，有效地延长货架期。在食醋等调味品中，使用的纳他酶素，可防止酶菌和酵母菌引起的变质。在啤酒、葡萄酒中，2.5mg/kg的纳他酶素可使保质期大大延长。此外,在酸奶中添加510ppm的纳他酶素，可以使产品的货架期延长4周以上。