低聚果糖凭借其所具有的多种优越的生理功能和理化特性，在国内外的食品、保健品等行业得到了广泛应用，被誉为集营养、保健、疗效三位一体的21世纪健康新糖源。

(1)在乳制品中的应用 低聚果糖在食品中最广泛的应用是在乳制品中。在发酵乳制品中添加低聚果糖，可以为产品中的双歧杆菌等益生菌提供营养源，增强益生菌活菌的数量和作用，延长保质期；在非发酵乳制品(原乳、奶粉等)中添加低聚果糖，还可以解决中老年人和儿童在补充营养时易上火和便秘等问题。由于低聚果糖在酸性条件下的稳定性优于蔗糖，且能使双歧杆菌增殖，因此广泛地代替部分蔗糖应用于酸奶、乳酸菌饮料等酸性食品。

(2)在谷物食品中的应用在谷物产品等添加低聚果糖，可以提高产品品质并延长产品货架期。例如在焙烤食品中添加低聚果糖，可以增进产品的色泽，改进脆性，并有利于膨化。以蔗糖为糖源，若操作不当，产品色泽很容易变暗，而低聚果糖的着色效果比蔗糖好。利用低聚果糖发生美拉德反应赋予焙烤食品良好的风味和诱人的色泽。此外，将适量低聚果糖添加于面包中，能产生保湿作用，并能延缓淀粉老化，防止食品变硬，使其松软可口，延长货架保存期。

(3)在糖果、饮料中的应用作为独特的低糖、低热值、难消化的功能性甜味剂，低聚果糖添加于甜味食品、饮料中，可以改善产品口味，降低食品热值。实际上，低聚果糖可以代替部分蔗糖用于生产各种糖果、果冻、巧克力等甜食制品，既能保持一定的甜度，又能防治龋齿，特别适合于儿童食用；在果味饮料和茶饮料中添加低聚果糖，可以使产品口味更柔和清爽。